Bệnh viện Phục hồi chức năng – Điều trị bệnh nghề nghiệp là đơn vị sự nghiệp trực thuộc Sở Y tế Thành phố Hồ Chí Minh, bệnh viện thực hiện cơ chế tự chủ theo quy định của Nghị định 43/2006/NĐ-CP ngày 25 tháng 4 năm 2006 của Chính phủ. Bệnh viện là cơ sở khám bệnh, chữa bệnh có chức năng khám bệnh, chữa bệnh, Phục hồi chức năng, Điều trị bệnh nghề nghiệp và tổ chức an dưỡng cho người bệnh và các đối tượng khác có nhu cầu. Bệnh viện Phục hồi chức năng – Điều trị bệnh nghề nghiệp là bệnh viện chuyên khoa, có tư cách pháp nhân, có con dấu riêng, được cấp kinh phí hoạt động từ ngân sách, được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước.